Die Forschung am Fachbereich wird durch die Disziplinen Islamwissenschaft, Neuere Orientalische Philologie und Middle Eastern Studies bestimmt. Sie vollzieht sich auf der Ebene von Dissertations- und Habilitationsvorhaben und von anderen Forschungsprojekten, die nicht unmittelbar mit einer akademischen Qualifikation verbunden sind. Eine wichtige Stütze bilden durch Drittmittel (v.a. durch den SNF) geförderte Vorhaben. Während sich Forschungsarbeiten im Rahmen von Lizenziat- und Masterabschlüssen auf die ganze Breite der Disziplinen beziehen, werden innerhalb dieser drei Fachgebiete folgende das Forschungsprofil bestimmende Schwerpunkte des Instituts akzentuiert:
- Staat, Gesellschaft, Religion, Kultur und Literatur in der Gegenwart;
- Geschichte, Religion, Literatur und Kultur in der Moderne;
- Kulturgeschichte der Frühen Neuzeit;
- Theologie, Philosophie und Ethik im islamischen Mittelalter.
Diese Forschungen, die auch nichtislamische Traditionen einschliessen, beziehen sich auf die Gesamtheit der islamischen Ökumene und sind historisch, kultur- und sozialwissenschaftlich, anthropologisch, ideengeschichtlich und literaturwissenschaftlich ausgerichtet. Ihren gemeinsamen Nenner bildet der empirische Bezug auf die arabischen, persischen oder türkischen Sprachen der altislamischen Welt; Forschungen zur Moderne und Gegenwart berücksichtigen vielfach auch andere Sprachen, in denen eine Islamität ausgedrückt wird (v.a. Englisch, Französisch und Russisch).